集菌儀的注意事項有以下這些方面：
(1)儀器要求接地，接地可靠，接地阻抗≤4Ω，接地線的線徑在φ1.6mm以上。
(2)儀器運轉時切勿將手伸入泵頭內，否則將可能導致手部受傷。
(3)在集菌儀泵頭定位卡合上之前(需扣緊蠕動泵動塊)，嚴禁啟動儀器，否則將可能導致手部受傷。
(4)儀器使用完畢后要關閉電源，長時間不用時，請切斷電源。
(5)若無菌室采用化學消毒劑消毒時，應將儀器置密封罩內，或搬出無菌室，以免損壞電子部件和腐蝕金屬配件。
(6)應保持取樣針上的過濾膜干燥，氣流暢通，正常進液。即在取樣針插入瓶裝流體供試品時，應先開機，然后倒轉容器瓶。
(7)更換供試品完成過濾時，應停機，否則會使培養器內產生過高的氣壓，使膠帽彈出，影響使用。可摘下膠帽放氣，消除培養器內的壓力。
拔去先前的兩個夾子，加入硫乙醇酸鹽流體培養基。
用夾子夾閉與一次性培養器連接部的軟管，留出5-6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣濾器的開口上。
分別按照藥典規定的培養時間進行培養。
觀察培養情況，若需取樣分離培養，可將軟管消毒，用無菌注射器插入軟管抽取所需量做進一步檢查。
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